廣東三九腦科醫院1994年經國家衛生部批準設立。國內著名神經內（外）科專家學者吳若秋、李齡、譚啟富、許建平、唐剛揆、尹普安、王象昌、成良正、田新良等在不同的歷史發展時期直接參與了醫院臨床醫療和科研工作。原全國人大副委員長吳階平、原國家衛生部部長陳敏章為醫院題寫了“勇攀醫學科學高峰，不斷提高診治水平”、“發揮?？苾瀯?，爭創一流技術”，對醫院建設取得的成績予以贊揚和勉勵。

       廣東三九腦科醫院核心學科--神經外科，按照亞專業、亞病種的發展方向，細分成七大科室，在傳承學科傳統技術優勢的同時，保持與國際神經外科技術發展的高度接軌，神經外科專業一流科技在臨床得以廣泛應用。

       擁有國際先進、國內一流水平的癲癇診療中心，系列難治性精神病的綜合治療和植物狀態促醒等一批極具專業特色優勢的學科群。尤其在大腦深部埋藏電極、神經導航技術、鎖孔手術、神經內鏡、神經電生理術中檢測、術中喚醒麻醉等現代神經外科微創理念和技術的應用，保持了與世界先進水平同步，進入國內先進行列。廣東省頭痛診療中心、眩暈診療中心、腦血管病內科診療中心、神經系統感染和變性疾病診療中心、小兒神經內科、腦癱診療中心、神經康復診療中心、心理行為疾病診療中心、睡眠醫學診療中心、兒童神經腫瘤中心、神經電生理中心（含腦磁圖等）等學科在國內和東南亞地區形成了重要的影響和知名度，受到國內外同行和患者的肯定。